Cá sấu Mã Lai đẻ trứng giống như các loài cá sấu khác. Người ta vẫn chưa rõ khi nào là mùa sinh sản hay làm tổ của chúng trong tự nhiên. Chúng làm tổ thành ụ. Cá sấu cái thuần thục khi đạt độ dài 2–3 m. Cá sấu cái đã giao phối sẽ đẻ 30-60 trứng trong ụ gồm lá hay than bùn khô. Sau khi đẻ trứng xong, việc xây dựng tổ cũng kết thúc và cá sấu cái sẽ rời bỏ tổ. Không giống như các loài cá sấu khác, cá sấu con không được cha mẹ chăm sóc và chúng dễ bị các loài động vật ăn thịt (như cầy mangut, cầy hương, hổ, báo, chó hoang v.v) biến thành con mồi. Cá sấu non nở sau 90 ngày và tự xoay xở với cuộc sống.